Karya sastra Melayu klasik dari Muhammad Bakir lain yang terkenal adalah Hikayat Cekel Waneng Pati. Hikayat ini Cekel Waneng Pati ini merupakan jenis cerita panji atau kepahlawanan atau kesatria tapi diselingi juga ada kisah percintaan. Seperti halnya hikayat atau naskah manuskrip lainnya, Muhammad Bakir menulis Hikayat Cekel Waneng Pati menggunakan bahasa Melayu dengan tulisan Arab-Jawi, di atas kertas jenis Eropa. Hikayat ini sedikit dipengaruhi oleh unsur cerita-cerita Jawa, seperti halnya Hikayat Panji Kuda Semirang. Secara singkat Hikayat Cekel Waneng Pati bercerita tentang Batara Nara Kusuma yang mempunyai 2 orang anak, laki-laki dan perempuan. Keduanya bernama Kamajaya dan Nila Kencana, atau di cerita Jawa biasa dikenal sebagai Kama Ratih.

Meski keduanya saudara kandung, tapi keduanya saling mencintai seperti halnya sepasang kekasih. Para dewa di kahyangan tidak senang melihat mereka berdua saling mencintai karena merupakan kakak beradik. Lalu salah Batara Kala di kahyangan mencarikan modus atau cara untuk memisahkan mereka. Sampai akhirnya mereka dititiskan kepada anak Raja Kahuripan dan anak Raja Daha. Keduanya dipisahkan di dua kerajaan berbeda. Keduanya kemudian berganti nama, Kamajaya menjadi Cekel Waneng Pati dan Nila Kencana menjadi Candra Kirana. Meski dipisahkan di dua kerajaan berbeda, mereka selalu saja bertemu. Setiap mereka bertemu, ada saja cara Batara Kala untuk memisahkan keduanya. Tetapi usaha Batara Kala selalu gagal. Cekel Waneng Pati dan Nila Kencana selalu bertemu dan pada akhirnya mereka menikah.