Dari hasil karya anak buah Anthing di Patekoan (kini Jl. Perniagaan) dan di Angke dibentuk sebuah jemaat kecil (kurang lebih 62 orang beriman), sejak tahun 1868. Empat tahun kemudian Gouw Kho bergabung dengan jemaat ini, Ia sering mewakili Gan Kwee waktu keliling Jawa. Sebagian besar umat ini terdiri dari orang sinkeh, artinya orang yang lahir di Tiongkok dan belum mengerti bahasa Melayu, Pada tahun 1884 keluarga Gouw Kho menghibahkan empat rumah di Jl. Patekoan kepada jemaat ini, Di tempat itu didirikan gereja Tionghoa pertama di Jakarta (1899): 'Umat Injili Tionghoa untuk Perluasan Kerajaan Allah' yang dipimpin pendeta-pendeta yang didukung oleh NZV (1902-1950) dan Java-Comite sampai digantikan oleh pendeta-pendeta Tionghoa.

Sejak 1940 umat bertambah banyak dan berkembang dengan cepat, sehingga dibentuk Tiang Hoa Kie Tok Kauw Hwee-Khoe Hwee jawaBarat sebagai Gereja yang berdiri sendiri. Setelah masa sulit serta suram pendudukan Jepang lewat, sebagian jemaat yang berbahasa Hokian memperoleh gereja sendiri di Jl. Pinangsia I (1952). Namun sebagian umat berbahasa Hokian ini tetap menggunakan Gereja Patekoan.

Pada tahun 1953 jemaat Patekoan benar-benar pecah, karena perbedaan pendapat tentang organisasi intern. Sebagian umat pindah ke Balai Pertemuan Kristen di Krekot. Gara-gara perselisihan ini umat Patekoan bahkan keluar dari Sinode GKI Jawa Barat sarnpai 1960, Pada tahun 1974 gereja lama dibongkar dan diganti dengan 'Gereja Tiga Salib' di Jl. Perniagaan. Kesulitan terbesar adalah kekurangan pendeta, karena umat GKI cepat meluas ke wilayah-wilayah Jakarta yang lain, bahkan di luar Jakarta juga. Gereja Patekoan menjadi induk beberapa jemaat lain, yang mempunyai gereja sendiri yang biasanya bergabung dalam Gereja Kristen Indonesia (GKI),