Surat kabar nasional tertua setelah Indonesia merdeka, pertama kali muncul 1 Oktober 1945, merupakan terompet Republik yang terkemuka di Jakarta pada masa Agresi Belanda hingga pengakuan Kedaulatan Indonesia oleh Belanda akhir tahun 1949. Pendirinya adalah BM Diah. Pada awal kehadirannya, dibantu sejumlah wartawan, seperti Rosihan Anwar, M. Soepardi, Ahmad Tjokroaminoto, Ramelan, Dal Bassa Pulungan, Soetomo Satiman, Darmawidjaja, dan M.T. Hutagalung. Selama hampir tiga setengah bulan sejak tanggal 19 Juli 1947, Merdeka tak dapat terbit karena tentara Belanda merampas Percetakan Negara, tempat harian ini dicetak, saat Aksi Militer I. Sewaktu terbit kembali, harian ini meneruskan pendiriannya menentang politik Sjahrir dan PSI. Peristiwa 17 Oktober 1952 yang digerakkan beberapa pemimpin angkatan perang untuk menuntut pembubaran parlemen, disebut surat kabar ini sebagai "pencerminan siasat PSI". Pada bulan Oktober itu pula Merdeka, bersama koran Partai Murba, Berita Indonesia, dilarang terbit selama tiga hari oleh penguasa militer Jakarta.

Surat kabar ini kembali mengalami larangan terbit bulan September 1957 bersama sembilan harian lainnya dan tiga kantor berita di ibu kota, yaitu Abadi, Indonesia Raya, Harian Rakjat, Bintang Timur, Pemuda, Djiwa Baru, Pedoman, Keng Po, Java Bode, Antara, OIA, dan INPS. Peristiwa ini merupakan pembreidelan massal yang pertama kali dalam sejarah pers di Indonesia, walaupun hanya berlangsung selama 23 jam, antara pukul 21.00 tanggal 13 September dan pukul 20.00 tanggal 14 September. Ketika Presiden Sukarno mengeluarkan Dekrit 5 Juli 1959 untuk kembali ke Undang-undang Dasar 1945, harian ini mendukung keputusan itu. Tetapi mulai saat itu, Partai Komunis Indonesia (PKI) membangun kekuatan dan pengaruh untuk mendominasi kehidupan nasional.

Pengaruh PKI menyusup pula ke dalam harian ini ketika pimpinan redaksi diserahkan kepada Joesoef, karena Diah diangkat sebagai duta besar untuk Cekoslowakia dan Hungaria pada tahun 1959. Di bawah kepemimpinan Joesoef, pendirian politik Merdeka dianggap menguntungkan PKI. Karena itu, tahun 1963, Diah menggantinya dengan Hiswara Darmaputra, ternan sekolahnya di Bandung. Sejak itulah, pertentangan harian ini dengan PKI menajam. Hampir sepanjang tahun 1963-1964 terjadi pengelompokan pers yang saling bertentangan. Misalnya, antara kelompok Merdeka, Berita Indonesia, dll dengan koran-koran seperti organ PKI Harian Rakjat, organ Partai Nasional Indonesia (Partindo) Bintang Timur, dan organ Partai Nasional Indonesia (PNI) Suluh Indonesia.