Stasiun Manggarai dibuka tanggal 1 Mei tahun 1918, jalurya bercabang ke Meester Cornelis berlanjut Bandung dan jalur lingkar ke Tanah Abang. Pembangunannya ditangani oleh van Grendt. Kamar tunggu kelas utamanya masih sama keadaannya dengan yang dahulu, dengan kisi-kisi jendela kaca, seperti halnya di bangsal. Sebenarnya pada saat pembukaannya stasiun ini belum selesai seluruhnya, karena atap besinya tidak dapat diperoleh dari Eropa sehubungan dengan pecahnya PD 1.  Oleh karena itu sementara stasiun ditutupi dengan atap peron dari kayu. Stasiun Manggarai menggantikan stasiun kedua Meester Cornelis NIS yang didirikan tahun 1907, yang terletak beberapa ratus meter ke arah selatan dengan titik temu di Bukit Duri dan berakhir menjadi jalur kecil ke Bukit Duri Pasar, di mana sebelumnya stasiun pertama Meester Cornelis NIS terletak dekat bengkel kereta api.