Sejak tahun 1915 telah ada rencana untuk pembangunan stasiun yang baru. Rencana tersebut sempat dikesampingkan karena tidak tercapainya kesepakatan, terutama persoalan biaya. Tahun 1926 persoalan itu muncul lagi ke permukaan, kemudian mulai dibangun stasiun yang baru. Stasiun itu adalah stasiun utama dengan 12 jalur, untuk kereta ke Buitenzorg dan ke Tanjung Priok, dan Merak di Selat Sunda, untuk penyeberangan ke Sumatera Selatan.

Stasiun tersebut dibuka secara resmi pada tanggal 8 Oktober 1929, pengembangannya adalah arsitek Asselberhs, Ghisels dan Res dari Algemeen Ingenieursen Architectenbureau (AIA) di Batavia dan bertumpu pada pancang beton Hollandsche Beton Mij. Suatu selamatan dilakukan oleh pegawai Indonesia untuk mengusir roh jahat berupa dikuburnya dua kepala kerbau, satu di dasar antara jam dan jalan masuk dan lainnya di belakang bangunan baru. Stasiun Kereta Api Batavia Kota yang terletak di stasiun plein, Batavia Benedenstand (kini stasiun Kota, Jl. Stasiun Kota Barat), dirancang pada tahun 1927-1928 dan dibangun tahun 1928-1929, kemudian dibuka pada tanggal 8 Oktober 1929. Sementara Stasiun Selatan telah ditutup pada tahun 19243. Sekarang stasiun baru itu sering disebut BEOS, berdasarkan pelafalan BOS singkatan de Bataviaszhe Osterspoorweg Maatschappij.