Salah satu masjid khusus di Jakarta yang dibangun di abad ke-19, saat pemerintah kolonial tidak lagi mengganggu. Awalnya lokasi masjid berada di tengah kuburan yang luas dan sudah hancur. Bangunan masjid lama memperlihatkan unsur-unsur struktur Jawa serta Belanda. Menurut Ph. van Ronkel dalam tulisannya di tahun 1916, di dalam masjid terdapat sebuah batu yang dapat menyebabkan orang menjadi sakit, jika duduk di atasnya. Kampung Mangga pada abad ke18 banyak dihuni oleh orang Jawa terutama di sekitar masjid. Didirikan kembali pada tahun 1986 dengan menggunakan sisa reruntuhan sebuah mesjid lama di tempat itu juga, di Jl. Manggadua Pasar. Terdapat makam seorang sayid, yakni Sayid Abubakar bin Sayid Aluwi (dan seorang bernama Jamalulail) yang dihormati dalam Mesjid Manggadua.