Kali Besar merupakan sebutan untuk menunjuk pada aliran lurus Sungai Ciliwung di selatan yang menjadi jantung kota lama Batavia. Secara harfiah berarti "sungai yang besar". Kelokan Kali Besar pernah diluruskan atas perintah Speck pada tahun 1631-1632. Pada abad ke-17, di masa awal Batavia, kapal biasa menyusuri sepanjang kanaal sampai Kali Besar, pembongkaran muatan, dan perbaikan kapal juga dilakukan di Galangan Kapal yang ada di depan kasteel lama namun akibat timbunan pasir di muara dan ukuran kapal yang bertambah besar tidak cukup melewati kanaal. Maka kapal-kapal itu ditarik oleh kuda dan budak. Untuk kapal besar, penumpang dan muatan diturunkan ke kapal kecil/tongkang.

Pada zaman VOC, di sepanjang Kali Besar ada berbagai bangunan seperti gudang, pemukiman pribadi, gereja, dan pasar. Beberapa pasar yang ada di kawasan Kali Besar antara lain Pasar Sayur, Pasar Pisang, Pasar Ayam, dan Pasar Beras. Di antara bangunan yang terletak di sepanjang Jl. Kali Besar Barat dan Jl. Kali Besar Timur yang rata-rata bergaya Eropa serta didirikan pada abad ke19, meliputi bangunan lama, kantor dan juga gudang. Keberadaan bangunan tersebut membentuk lingkungan bersejarah yang mempunyai daya tarik pariwisata khususnya bagi turis yang ingin rekreasi menikmati suasana "kota tua".

Kali Besar merupakan pusat perekonomian dan perdagangan VOC dimana terdapat bangunan-bangunan untuk pembuatan dan perbaikan kapal-kapal serta orang-orang kuli atau budak bekerja. Daerah Kali Besar dipandang sebagai daerah kediaman kelas elit pada awal abad ke-18 dan menjadi daerah pusat kantor-kantor perdagangan internasional di era berikutnya. Salah satu contohnya adalah bangunan Toko Merah. Banyak rumah orang Tionghoa terdapat di sini yang dibakar pada tahun 1740. Kali Besar beberapa kali berubah fungsi, setelah Ciliwung diluruskan (1632) kapal-kapal kecil membawa barang dari laut dan dari pedalaman ke pelabuhan. Sejak tahun 1870 semakin banyak perusahaan niaga yang berkantor di Kali Besar, hingga sampai tahun 1960-an merupakan daerah pusat kantor-kantor perdagangan internasional.