Salah satu mesjid tua di Jakarta yang dibangun pada tahun 1923/1924.Masjid ini merupakan pindahan dari sebuah mushola/mesjid sederhana dari kayu dan gedek, yang kurang lebih sejak tahun 1850 pernah berada dalam kebun luas pelukis termasyhur Raden Saleh. Istrinya Raden Saleh yang diceraikan (1864), menjual tanah beserta rumahnya kepada keluarga Alatas. Kurang lebih tiga puluh tahun sesudahnya bekas rumah Raden Saleh dibeli (1897) oleh Vereeniging voor Ziekenverpleging, yang membuka Koningin Emma Ziekenhuis, yaitu Rumah sakit Cikini, pada tahun berikutnya. Masjid ini dipindahkan dengan cara memanggulnya secara bergotong-royong beberapa meter ke arah timur ke tempat sekarang, yakni di tepi Ciliwung dan Jl. Raden Saleh. Pemindahan ini dilakukan demi kepentingan jemaat, supaya dapat menggunakan air Ciliwung yang masih bersih pada awal ke-20.

Sayid Ismail bin Sayid Abdullah bin Alwi Alatas menjual sebagian tanah bekas milik istri Raden Saleh kepada Koningin Emma Stichting untuk membangun dan mengurus Rumah Sakit Cikini. Pada tahun 1906 pengadilan memenangkan Sayid Ismail sebagia pemilik tanah yang sah. Maka, ia menjual tanah tempat masjid ini berdiri kepada rumah sakit (1923). Pada tahun 1924 pihak rumah sakit ingin supaya masjid yang masih berdiri di atas tanah yang dibelinya itu dipindahkan lebih jauh. Tetapi, jemaat maupun beberapa tokoh umat Islam di Batavia menentang rencana itu, karena tanah ini dianggap wakaf dari Raden Saleh untuk membangun masjid.

Sebuah panitia yang didukung antara lain oleh H. Agus Salim kemudian membangun masjid kembali hingga menjadi yang kokoh seperti sekarang. Pada tahun 1932/1934 terjadi perombakan dan penambahan gedung dengan dukungan Sarikat Islam. Menara masjid ini luar biasa untuk Jakarta, karena tidak lancip di atas, melainkan membentuk kubah. Masalah tanah baru selesai pada tahun 1991, waktu pihak Rumah Sakit Cikini menyerahkan tanahnya kepada Pengurus Masjid al Makmur. Dua tahun kemudian dilaksanakan pemugaran dan perluasan lagi.