Bangunan gedung Museum Wayang pada mulanya merupakan lokasi gereja yang didirikan VOC pada tahun 1640 dengan nama “ de oude Hollandsche Kerk “Pada tahun 1733 gereja tersebut mengalami perbaikan, dan namanya dirubah menjadi “ de nieuwe Hollandsche Kerk “ Sebagai akibat terjadinya gempa, bangunan Gereja Belanda Baru itu telah rusak. dan dibangun kembali  tahun 1912 dengan fungsinya sebagi gudang milik perusahaan Geo Wehry & Co. kemudian tertanggal 14 Agustus 1936 telah ditetapkan menjadi monumen. dan dibeli oleh Bataviaasch Genootschap van Kunsten en Wetenschappen ( BG ) yaitu lembaga yang menangani penelitian dalam bidang seni dan ilmu pengetahuan.

Pada tahun 1937 oleh lembaga tersebut gedung diserahkan kepada Stichting oud Batavia dan kemudian dijadikan museum dengan nama “ de oude Bataviasche Museum “ atau museum Batavia Lama “ Selanjutnya pada tahun 1957 diserahkan kepada Lembaga Kebudayaan Indonesia ( LKI ) dan sejak itu nama museum diganti menjadi Museum Jakarta Lama.

Pada tanggal 1 Agustus 1960 namanya disingkat menjadi Museum Jakarta. Pada tanggal 17 September 1962 oleh LKI diserahkan kepada Departemen Pendidikan dan Kebudayaan dan pada akhirnya pada tanggal 23 Juni 1968 oleh Dirjen Kebudayaan Dep. Pendidikan dan Kebudayaan gedung museum diserahkan kepada Pemerintah DKI Jakarta dan di gedung ini pula Dinas Museum dan Sejarah DKI Jakarta berkantor.

Sejak tanggal 13 Agustus 1975 gedung tersebut dijadikan Museum Wayang  yang diresmikan oleh Bp. Ali Sadikin Gubernur KDKI Jakarta. Saat ini Museum Wayang merupakan Museum dibawah Unit Pengelola Museum Seni, Dinas Kebudayaan Provinsi DKI Jakarta. Museum Wayang memiliki koleksi Wayang dan sejenisnya dari berbagai daerah di Indonesia dan Manca Negara, diantaranya, Wayang Kulit, Wayang Golek, Wayang Beber, Wayang Klitik, Wayang Revolusi, Wayang Suket/mainan, Lukisan, Topeng, Boneka, Patung Kayu dan Gamelan.

Visi Museum Wayang

Menjadikan Museum Wayang sebagai tempat wisata edukatif bertaraf internasional untuk semua lapisan masyarakat.

Misi Museum Wayang

• Mengkomunikasikan koleksi wayang sebagai bukti kekayaan sejarah Indonesia.
• Memberikan informasi mengenai wayang dari seluruh daerah di Indonesia dan luar negeri.
• Menyelenggarakan kegiatan edukatif dan rekreatif.
• Memberikan pengalaman yang menyenangkan bagi semua lapisan masyarakat.
• Memberikan pelayanan prima bagi semua lapisan masyarakat.