Museum Sejarah Jakarta juga dikenal sebagai Museum Fatahillah karena berlokasi di Jalan Taman Fatahillah nomor 1, Pinangsia, Jakarta Barat.

Museum ini dulunya merupakan gedung Balaikota (Stadhuis) pada masa pemerintahan VOC di Batavia. Museum Sejarah Jakarta yang diresmikan pada tanggal 30 Maret 1974 oleh Gubernur Ali Sadikin.

Selain sebagai Balaikota, gedung ini juga berfungsi sebagai Pengadilan, Kantor Catatan Sipil, tempat warga beribadah di hari Minggu, dan Dewan Kotapraja (College van Scheppen).

Di Museum Sejarah Jakarta juga terdapat bekas penjara bawah tanah yang dulu sempat digunakan pada zaman penjajahan Belanda. Penjara bawah tanah untuk laki-laki dan penjara bawah tanah untuk perempuan.

Satu lagi yang sangat terkenal adalah Meriam Si Jagur. Meriam Si Jagur dibuat oleh orang Portugis bernama Manoel Tavares Baccaro di Macau, China, yang kemudian oleh Portugis dibawa ke Malaka.

Perjalanan panjang sejarah kota Jakarta dapat ditemui di museum ini antara lain Ruang Prasejarah Jakarta, Ruang Tarumanegara, Ruang Jayakarta, Ruang Fatahillah, Ruang Sultan Agung, Ruang Diponegoro dan Ruang Batavia.

Di ruangan-ruangan tersebut terdapat mebel-mebel antik mulai dari abad ke-17 sampai 19, yang merupakan perpaduan dari gaya Eropa, Republik Rakyat Tiongkok, dan Indonesia. Salah satunya lemari Arsip yang digunakan VOC.